Настройки программы понимаются как установки программы, которые не сохраняются в проекте (то есть не зависят от конкретного проекта), но сохраняются в файл конфигурации и присваиваются пользователю. Это основное отличие между опциями проекта, и установками пользователя и остальными настройками программы.